Le drapeau fut adopté le 1er décembre 1967. Les couleurs évoquent les caractéristiques de la province, taïga (vert), neige de l'hiver (blanc), eaux glaciales (bleu). Au centre se trouvent les armoiries, qui furent adoptées le 5 novembre 1956. La croix de Saint-George représente les premiers explorateurs et les trappeurs venus d'Angleterre ; la cocarde en vair le commerce des fourrures : les lignes ondées blanches et bleues le fleuve Yukon, les rivières et criques où l'or fut découvert ; les triangles rouges représentent les montagnes. Les boules dorées symbolisent les ressources minérales du territoire et le chien esquimau Malamute, connu pour sa loyauté, sa force et son courage, rappelle l'importance du rôle que jouèrent ces animaux. Sous l'écu, deux branches entrecroisées d'épilobe sont l'emblème floral du Yukon, adopté en 1956.