Le drapeau fut adopté le 1er janvier 1969. Les bandes bleues verticales représentent les lacs et les eaux des Territoires et la blanc symbolise la neige et la glace. Au centre se trouvent les armoiries accordées le 24 février 1956. Le blanc symbolise la calotte glaciaire, la bande bleue ondée le passage du nord-ouest, le vert les régions boisées et le rouge la toundra. La tête d'un renard arctique évoque la faune locale. Les rectangles jaunes symbolisent les richesses minérales.