Ce drapeau à trois bandes bleu-blanc-bleu fut initialement adopté par la Salvador en 1821, en même temps que les quatre autres états (Costa Rica, Guatemala, Honduras et Nicaragua) qui constituèrent, après leur indépendance de l'Espagne, la Fédération de l'Amérique centrale. Il demeura en usage jusqu'en 1865, où il fut provisoirement remplacé par un drapeau analogue à celui des Etats-Unis. Le drapeau originel bleu-blanc-bleu a été rétabli par le Salvador en 1912, pour exprimer l'espoir que l'ancienne fédération dissoute pourrait un jour se reformer. Ses trois bandes représentent la position de l'Amérique centrale entre la Mer des Caraïbes et L'Océan Pacifique. Le triangle maçonnique des armes du centre est un symbole d'égalité. On y voit un arc-en-ciel et un bonnet phrygien qui représentent la liberté, et cinq sommets volcaniques évoquant les cinq états de l'ancienne Fédération de l'Amérique centrale. La date est celle de la proclamation d'indépendance.