Après s'être séparé de la Colombie, le Panama proclama son indépendance en 1903. Le drapeau qui fut officiellement adopté le 3 novembre de cette même année a été conçu par le fils du premier président de la République, Manuel Amador Guerrero. Les deux principaux mouvements politiques du pays, le parti libéral et le parti conservateur, sont représentés respectivement par le rouge et par le bleu, le blanc soulignant la concorde régnant entre ces deux partis. L'étoile bleue symbolise la loyauté, et l'étoile rouge l'autorité de l'Etat qui découle de l'application de la loi.