Le drapeau fut adopté le 1er avril 1999. Les couleurs bleu et or ont été choisies par les membres de la Commission d'établissement du Nunavut pour symboliser les richesses de la terre, de la mer et du ciel. Le rouge représente le Canada. L'inukshuk symbolise les monuments de pierres qui guident les gens sur leur chemin et qui marquent, entre autres, les lieux sacrés. Enfin, on y retrouve Nikittuittuq, l'étoile Polaire, qui sert traditionnellement de guide aux navigateurs et représente un repère fixe et immuable, à l'instar du conseil des sages dans la communauté.