L'union des onze Etats de Malaisie avec le Sabah, le Sarawak (anciens territoires britanniques de l'île de Bornéo) et avec Singapour donna naissance, en 1963, à la Fédération de la Malaisie. Le drapeau qui fut adopté cette même année évoque, par le nombre de ses bandes et des branches de l'étoile, les quatorze états de la fédération (dont Kuala Lumpur). Il est demeuré inchangé, même après la sécession de Singapour, indépendant en 1965.