Au 19ème siècle, la France occupa et unifia sous sa tutelle les petits états africains situés à l'entrée de la Mer Rouge. Appelée d'abord Côte française de Somalie, puis Terittoire français des Afars et des Issas, cette région obtint son indépendance le 27 juin 1977 en devenant la République de Djibouti. Le nouvel état pris aussitôt pour drapeau celui qui avait été initialement conçu pour la Ligue Populaire Africaine pour l'Indépendance (LPAI). Celle-ci était née de la fusion de plusieurs mouvements nationalistes qui avaient déjà utilisé des drapeaux analogues. Le triangle est un symbole d'égalité, sa couleur blanche étant elle-même symbole de paix, et l'étoile rouge celui d'unité. Les deux bandes horizontales correspondent aux deux principaux groupes ethniques du pays : le vert pour les Afars et le bleu pour les Issas somalis, cette dernière couleur se retrouvant d'ailleurs sur le drapeau de Somalie. Selon une autre interprétation, le vert représenterait la terre, et le bleu le ciel et la mer.